祖印禅寺规模宏大，历史悠久，是舟山市重点文物保护单位和省级重点寺院，素有“翁洲第一古禅林”的雅称。现址位于浙江省舟山市城区中心——定海城关昌国路98号。现存寺院在中轴线上依次排列的有山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿，在中轴线左的有鼓楼、厢房、斋堂等，在中轴线右的有厢房、钟楼。全寺建筑面积为2212平方米，占地5125平方米。除正三间系近年重建外，其余皆为清代建筑。

寺中最有特色的文物和佛教艺术品，一是象徵着香火日盛的镇寺之宝——祖印宝鼎，高达3.4米，重1.5吨；二是1995年从缅甸迎请来的玉观音坐像，高2.2米，重2吨多，玉质精细优良，雕刻工艺精美，形态端庄大方，现供奉于后大殿；三是大雄宝殿的建筑艺术和塑像。大雄宝殿有7间，高17.5米，通进深19米，通面阔29.6米，总面积达564平方米。重檐歇山顶，上檐九踩斗拱，十三架梁，明间抬梁，左右次、梢、尽穿斗结构，建筑艺术高超精致。殿内主供三世佛像。正中供奉释迦牟尼佛，左右有迦叶尊者、阿难尊者护持。东西两侧沿壁塑有十八罗汉像和五百罗汉像。

从五代到清末祖印禅寺经历了历史上一次次的兴与衰：

据史志记载，祖印禅寺旧名蓬莱院（又说为祖国印院），原址在蓬莱乡朐山(现在的岱山县衢山岛)，初创于五代后晋天福五年(公元940年)，迄今已有千年历史。

北宋治平二年（公元1065年），朝廷御赐“祖印”额，其名一直沿袭至今。南宋嘉熙二年（公元1238年），昌国县令余桂将祖印寺迁至治所东南（现址），与普陀山接待寺合并为一，成为昌国县城主要的佛事场所，也成为去普陀山朝圣僧俗之众的必经转驻之地。

元代至元十六年（公元1279年），高僧一山一宁（台州临海人）开法祖印寺，于至元二十六年移住普陀山。继有高僧密庵咸杰禅师主持祖印寺，弘传佛法，声誉鹊起，香火鼎盛。

明代以后祖印寺曾数毁数兴：明初废县毁寺，香火中断；宣德年间，都指挥使张翥重建，正统七年（公元1442年）又遭火焚；成化五年（公元1469年）总督张勇再次重建。明万历年间，后大殿又一度作为纪念舟山参将张可大和徐一鸣的“张公祠”和“徐公祠”。

清初闭关海禁，岛民内迁，城垣尽毁，寺院殿宇亦毁于兵燹，四周房舍无存瓦片寸椽，惟大雄宝殿巍然不动，时人传为神异。康熙三十一年（公元1692年），定海总镇兵蓝理募资修复。同治年间，主持僧云岫禅师又募资扩建。宣统元年（公元1909年），工商巨子、邑人朱葆三捐资再次重修，购置进口铁杪木为主要木料，现有建筑中天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼以及东厢房等均为当时所建。

建国后，祖印寺情况：

1950年5月，寺宇一度用作国家粮库。虽佛事中断，但寺院幸存。

1979年，舟山市重新宣布13处市级重点文物保护单位，之后祖印寺等7处古建筑遗迹也被列为其中。而祖印寺外的石牌则显示它在1982年7月被正式列为舟山市重点文物保护单位。

1986年，舟山市政府耗资近50万元，迁出粮库，修复殿宇，寺貌重现，寺院面积增加千余平方米。祖印寺被改作市博物馆馆址。

1994年，祖印寺被批准为开放寺院，舟山市政府从寺中迁出博物馆，从而恢复寺院佛像，重开佛事活动。当年6月，礼请宁波阿育王寺74岁高龄化通法师来寺住持。历经三年艰苦整修，殿宇佛像从无到有，寺院建筑焕然一新。十八罗汉，五百罗汉、文殊、普贤、地藏、观音、弥勒、韦驮等新塑像巍峨庄严，栩栩如生。

近年来在当地政府鼎力相助下，寺院建设发展较快：

2003年，经省文物局批准，佛教协会同意，舟山市政府计划将祖印寺已年久失修的后大殿修建成藏经阁。修建后的藏经阁为二层，重檐歇山顶，整体建筑为纯木结构，充分体现寺院完整的建筑风格和佛教文化内涵。

2004年，祖印寺后大殿和东厢房整修工作完成。此次维修经费均来自社会各界人士捐助。