科山寺，又名科峰寺，位于惠安县城西郊的科山顶峰。始建于北宋元佑年间（1086-1093年），后废。至明景泰年间（1450-1456年）道士陈静怀重建惠安科山寺，建筑面积700多平方米。
1978年以来不断复修、重建，范围扩展到15000多平方米，寺内外的园艺、景点大有增辟，面貌为之一新。
1994年，惠籍旅星侨胞杨松年先生捐献巨资，又新建双檐歇山式大雄宝殿和三檐亭阁式的大悲殿，巍峨壮观。
科山曾是众多名士读书之地。南宋嘉熙间县令郑清子曾建“登科书院”于此处。科山寺历史悠久，至今尚留有自宋至民国期间的历代摩崖石刻20多处，多数集中在寺前层岩上。寺中有清末名士、画家林渊、黄朝栋撰写的石刻柱联多副和当代全国著名书法家虞愚和梁披云分别书写的“科山寺”、“圆通宝殿”和“大雄宝殿”匾额。一代高僧弘一法师抗日期间曾三次来寺讲经说法并题有“慧水胜境”四字于寺内。报德祠内尚有明万历名宦、著名地方史家何乔远撰写的长篇颂德碑记，均为书法、文章佳作。
科山寺现任住持弘雄法师，于1996年夏恢复了“科山书院”名号；并编纂“科山书院丛书”，收藏和刊印古今乡贤的文学著作。
科山·清幽
科山寺，在惠安县城西郊，山上有庄先生（庄应祯）祠、刘望海祠，山麓建治山治水纪念碑、烈士纪念碑。古时多骚人墨客登临。南宋嘉熙间知县郑清子凿“登科山”三个字于摩崖上，遂改名科山。现辟为文化风景区。山上不仅有许多巧夺天工的惠女石雕、狮雕及各种形态的石雕，另外也添置了娱乐休闲的设施，一座座个性鲜活的石雕充分展示了惠安古城文化的神韵和内涵。在山林中放纵嬉戏，这里的秀丽、宁静给了我们无限的遐想空间。古刹晨钟，白云满地，万树浮在云海里，嵌在蓝沁沁的天穹中的星星还在飞跑……这是一幅有着优美旋律的图画，其声息、动态，仿佛可闻可见。明朝黄吾野在他的《七夕刘明府邀游登科岩》中这样描写科山：“三伏空岩薄暮寒，凭虚双眼落檐端。江云不散清秋影，河鼓应怜此夜欢。月落峰阴生风席，风口海色上衣冠。伊谁堂上琴声沏，却有闲情问考磬。”描绘了科山美丽的夜景，牛朗和织女的欢会，诗境闲适而孤寂，我不曾领略科山的夜景，孰不知还另有一番情趣，从诗中能感受几分。在登山道旁的岩石上一首无题诗上有这么一句：“海门潮上连天碧，岚岫烟浮拥悬青。”这则是另一种科山美景，我登科山不止一次，每次都有不同的感受，今人尚此，何况古人？
弘一法师与惠安科山寺
石有纪是弘一法师出家前在浙江师范任教时的学生，师生情谊很深，大师为什么拒见，不得而知。后来（1938年秋），弘一法师住泉州承天寺，时任安溪县长的石有纪又来晋谒，大师居然破例点灯，与之促膝长谈，勉励石有纪做好官，体恤民情，并书写《华严经》一副对子及唐人五律一首寄赠：“十年离乱后，长大一相逢。问姓惊初见，称名忆旧容。别来沧海事，语罢暮天钟。明日巴陵道，秋山又几重。”其书略云：“录唐人诗一首，颇与仁者在寺相见情景相似。”足见大师其时之心境。1942年，石有纪调任惠安县长。弘一法师劝他茹素念佛，并为他致诗评字。石有纪邀请大师到惠安灵瑞山讲经宏法，大师与他约法三章：“一：君子之交，其淡如水；二：不迎不送，不请斋；三：过城时不停留，径赴灵瑞山。”
惠安茶商王颂平、秀才王少舫、郎中李淑潜等几位居士，仰慕弘一法师大名，乃斋戒沐浴，相邀前往净峰寺，要拜师皈依三宝。弘一法师因不明其身份，拒之门外。后经传贯师对来访者详细查询，并一一向大师翻译介绍，才予接见。是年秋，大师还应他们之邀，往惠安科山寺讲经，并为诸位居士证受皈依。大师以《人生之最后》为题，侃侃而谈，阐明生者如何得以善终，死者如何使其善往。他说：人要求往生，不一定都要出家做和尚，只要一心虔诚奉佛就行，当然也可以到丛林地方，如开元寺或福州鼓山涌泉寺等处去受五戒。对于死者，凡父母病逝，切忌子孙随便翻动，要让其镇定归西；也不必举哀，但组织临终助念会，吟诵弥陀经及南无西方接引阿弥陀佛就好。在生不孝父母，死后却来大事铺张，讲子孙的体面，是最可恶的欺骗，此为善者所耻而不为……
八年间，弘一法师先后四次到惠安，禅踪所至，凡有山寺佛堂，不下数十处。音容笑貌，举手投足，至今为老一辈人所津津乐道。