2003年，办学规模进一步扩大，在校生4283人，教职员工286人。学校坚持“德育为首，教学为主，全面育人为本”的办学思想，继续弘扬校风育人办学特色，全面推进素质教育，各项工作均衡发展。高考再获特大丰收，600分以上31人，居全省同类学校之首，高分群人数进入全省十强，596人录取本科，本科率达91.6%，476人录取全国百强名牌高校，占73%，200多名考生录取清华、北大、复旦、人大等名牌高校，其中南京大学录取38名，东南大学录取34名，南京理工大学录取43名。学校成为南京大学、南京理工大学的生源基地，成为江苏大学的实验基地。学科竞赛获国家、省、市、县级奖200多项。

弘扬校风育人办学特色，定期开展校风建设专题活动，通过课堂教学、家长学校、国旗下电视讲话、校园文化等载体加强常规德育工作，南通市“十五”规划重点课题“校风育人工程”研究进入中期评估阶段。第四届“新华杯”校园文化艺术节，取得丰硕成果。9名学生被评为省市优秀学生干部、三好生。坚持科研兴校战略，在正常抓好理论学习，鼓励教师全员参与教育科研。先后组织教师参加了多项省级教育教学论文大赛，在“师陶杯”论文大赛中，1人获一等奖，30人获二、三等奖，并蝉联了优秀组织奖；在“黄海潮”教育科研活动中，教师的论文获一等奖3篇，二、三等奖14篇，学校获优秀组织奖；组织学生参加全国读写大赛，荣获省级优秀组织奖。教师在各级各类报刊杂志上发表教育教学论文90多篇，获奖85人次。大胆创新共青团管理体制，全面探索学生会工作新思路，完善学生干部选拔、培训和考评机制。成功举办第四届“新华杯”校园文化艺术节，第二届“中学生形象设计大赛”等10多个系列活动，成功举办如东县共青团工作现场会，校团委连续14年蝉联如东县“红旗团委”，一大批师生获市县团委表彰，两人获江苏省青年岗位能手和江苏省希望工程先进个人称号。认真抓好“青蓝工程”和“师表工程”建设，精心培养新世纪优秀园丁，1人被评为南通市师德标兵，多名教师被评为南通市优秀教育工作者。学校被评为江苏省文明单位，省高考优秀考点，高考科研先进单位，南通市宣传思想工作先进单位。