穆尔所率英军自科鲁尼亚撤走之后，拿破仑便以为他已排除了英军再次干涉西班牙的一切可能性。诚然，葡萄牙仍有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。他现在的当务之急是竭尽全力攻占奥地利首都。通往维也纳的捷径是经由多瑙河谷。1805年，乌尔姆大捷之后，他就是由此打到维也纳的。

1月24日，拿破仑从巴利阿多利德一回到巴黎，便立即开始为新的多瑙河战役组编部队。他认为奥军在4月15日之前不会行动，所以觉得有充裕的时间作准备。2月15日，他命令当时正在巴利阿多利德镇守西班牙北方各省的贝西埃尔把近卫军送回巴黎。其后一周，情报部门向他呈交了一份奥军最近兵力部署报告。当时奥军编为九个军，由查理大公指挥：

右翼位于波希米亚计有：贝利加德伯爵，柯罗华特伯爵，罗森贝格亲王，十二万人；列支敦士登的约翰亲王，四万五千人。

左翼位于施蒂里亚和卡林西亚计有：冯·席勒男爵，卡斯特勒将军，盖雷将军，九万五千人；

合计：二十六万人。

另有两个军作预备队，计十万人，一支在加利西亚由费迪南大公指挥，另一支由路易大公指挥保卫维也纳。

查理大公的打击力量显然大大超过了法军在德意志境内可调集的兵力，因为把达武、乌迪诺和贝尔纳多特的兵力加起来也不过九万人。所以根本不存在拿破仑象1805年那样立即采取主动进攻的问题。对此，拿破仑明智地决定采用攻势防御战略，聚集兵力，后发制人，待敌暴露意图后予敌以打击。所以，在战争初期，他只命令德意志境内的部队在多瑙河谷的雷根斯堡附近集结，静观奥军行动。当务之急是增强德意志兵团的兵力，但由于西班牙的局势仍不太稳定，他也难以从该战区抽调过多的部队。

2月21日，拿破仑令其陆军大臣克拉尔克派人召请马塞纳元帅，要他指挥一个新组建的“莱茵观测军”，因误伤失明的马塞纳此时已经康复，该军由四个步兵师和一个轻骑兵师组成，预定3月12日以前在斯特拉斯堡集中。拿破仑接着便向莱茵邦联的德意志诸国(巴伐利亚、符腾堡、萨克森、巴登和黑森-达姆施塔特)发出警告，说他们的自由正受到奥地利侵略的威胁，因此他们必须进行动员并将他们的军队在3月20以前交他调遣。这样，他就获得了大约十万人的增援，其中仅巴伐利亚军颇有战斗力，其他德意志军队只适用于维护交通线。这些仆从国君主身不由己，只好俯首听命。巴伐利亚国王马克西米连·约瑟夫请求让其王储指挥巴伐利亚军，但拿破仑不予批准，而是把指挥权授予但泽公爵勒费弗尔元帅，此公由于缺乏能力，刚被拿破仑从西班牙军团撤换下来。贝尔纳多特则从汉堡调到德累斯顿，奉命接替指挥萨克森国王所提供的军队。

有关奥军在因河右岸集结的报告不断送至拿破仑手中。3月24日，他命令用马车把近卫军从西班牙运回巴黎，以便他们一天能完成三天的行程。贝西埃尔从西班牙北部地区调来指挥德意志军团的骑兵军，因为缪拉已被晋封为那不勒斯国王。贝西埃尔原来的职务则由克勒曼将军接替，后者在马伦哥战役时表现突出，调任前一直与朱诺一起在葡萄牙作战。

3月28日和30日，拿破仑就德意志军团的编成和部署，向贝尔蒂埃下达了极为详尽的长篇指示。他预料奥军将在4月15日发起进攻。因为奥地利驻法大使梅特涅 [ 注：梅特涅(1773-1859)是奥地利外交的一个反动支柱。他1803年出任驻柏林大使，1807年出任驻巴黎大使，1809年继图古特之后出任外交大臣并于1813年晋封为亲王，他在1814-1815年的维也纳议会中曾起过主要作用。 ] 仍在巴黎，尚未申领归国护照。如果奥军在4月10日前进攻，那么法军就应在莱希河之后集结，右翼置于奥格斯堡，左翼置于因戈尔施塔特和多瑙沃尔特之间的多瑙河谷上，皇帝大本营设在多瑙沃尔特。